|
|
Netradiční funkce forminů mimo nukleaci aktinu
Metlička, Jáchym ; Cvrčková, Fatima (vedoucí práce) ; Opatrný, Zdeněk (oponent)
Od objevu v roce 1990 byly proteiny s Formin homology 2 (FH2) doménou (forminy) pozorovány ve všech analyzovaných druzích spadajících pod eukaryota. Znalost struktury a funkce FH2 domény se za posledních několik let výrazně zlepšila. Její schopnosti nukleace, polymerace a procesivního cappingu aktinových filament činí z proteinů forminové rodiny významné faktory ovlivňující podobu cytoskeletu. Ale FH2 doména tvoří pouze dílek skládanky další volitelné konzervované peptidické struktury, které ji obklopují, stejně jako konkrétní podoba samotné FH2 domény, výrazně ovlivňují konečné vlastnosti forminu a jeho umístění v buňce. Forminy se podílejí na řadě buněčných aktivit, často (ale ne vždy) souvisejících s cytoskeletem. Spravují například aktinovou složku cytoskeletu, propojují aktinová vlákna s mikrotubuly či plazmatickou membránou. Dále se účastní buněčného dělení a fungují jako složky tradičních signalizačních drah atd. Tato práce popisuje strukturu a funkci FH2 a FH1 domén, poskytuje přehled fylogenetických větví forminů u mnohobuněčných eukaryot a shrnuje rozličné role, kterých se forminy v buňkách (pravděpodobně) účastní. Není to malý cíl a (vzhledem k časovým a prostorovým omezením této práce) je nemožné ho splnit v míře, jakou si toto téma žádá.
|
|
|
Comparative phenotypic study of selected Arabidopsis formin mutants
D'Agostino, Viktoria ; Cvrčková, Fatima (vedoucí práce) ; Tylová, Edita (oponent)
Aktinová vlákna a mikrotubuly se podílejí na vývoji a tvaru buňky. Rostlinné forminy třídy II regulují oba typy cytoskeletárních polymerů. Nicméně jejich funkce zatím nebyla zcela popsána. Tato studie se zaměřuje na efekty ztrátových mutací v genech FH13 (AT5G58160) and FH14 (AT1G31810) Arabidopsis thaliana, konkrétně na vývoj kořenového systému s použitím farmakologických postupů. Vzhledem k tomu, že měření kořenů rostlin za různých podmínek je pracné a časově náročné, tato diplomová práce se také zaměřuje na optimalizaci tohoto procesu, s cílem vytvořit metodu rychlé vizualizace a měření růstu semenáčků Arabidopsis v laboratorních podmínkách. Kromě toho bylo též nutné optimalizovat statistickou analýzu pro velké množství dat shromážděných za různých typů podmínek. Zatímco za standartních podmínek nebyl nalezen statisticky významný fenotyp, co se týče délky kořenů mutantů fh13, fh14 a dvojtého mutanta fh13 fh14 působení cytoskeletárních drog odhalailo změny ve vzniku laterárních kořenů mutanta fh14. Nicméně specifická funkce FH13 a FH14 zůstává otázkou.
|
|
|
Role of formins in the organization and dynamics of intracellular structures in Arabidopsis thaliana
Rosero Alpala, Elvia Amparo ; Cvrčková, Fatima (vedoucí práce) ; Baluška, František (oponent) ; Malcová, Ivana (oponent)
Na základě podrobné fenotypové charakterizace fh1 a fh2 mutantů bylo prokázáno, že AtFH1 (At3g25500), nejvíce exprimovaný formin Arabidopsis thaliana, a jeho nejbližší homolog AtFH2 (At2g43800) ovlivňuje dynamiku aktinových mikrofilament a mikrotubulů. Mutanti postrádající fh1 vykazovali zvýšenou citlivost k inhibitoru polymerace aktinu Latrunculinu B (LatB). Epidermální buňky děložních lístků forminových mutantů byly výrazněji laločnaté než u divokého typu, a byly také nalezeny rozdíly v uspořádání vodivých pletiv. Nepodařilo se získat dvojité homozygoty fh1 fh2, protože nejméně jeden z těchto dvou forminů je zřejmě nezbytný pro řádný vývoj gametofytu. Byly standardizovány metody pro pozorování a kvantitativní charakterizaci architektury a dynamiky kortikálního cytoskeletu s využitím konfokální laserové skenovací mikroskopie (confocal laser scanning microscopy, CLSM) a epifluorescenční mikroskopie s variabilním úhlem osvitu (variable angle epifluorescence microscopy, VAEM). Pomocí těchto metod se podařilo zjistot, že mutanti mají více F-aktinových provazců, které jsou méně dynamické než v rostlinách divokého typu, avšak dynamika mikrotubulů je zvýšená. Kořenový fenotyp, fh1 mutantů byl nadále zesílen v přítomnosti heterozygotní fh2 mutace. SMIFH2, inhibitor aktivity forminů, vyvolával podobné...
|
|
|
Netradiční funkce forminů mimo nukleaci aktinu
Metlička, Jáchym ; Cvrčková, Fatima (vedoucí práce) ; Opatrný, Zdeněk (oponent)
Od objevu v roce 1990 byly proteiny s Formin homology 2 (FH2) doménou (forminy) pozorovány ve všech analyzovaných druzích spadajících pod eukaryota. Znalost struktury a funkce FH2 domény se za posledních několik let výrazně zlepšila. Její schopnosti nukleace, polymerace a procesivního cappingu aktinových filament činí z proteinů forminové rodiny významné faktory ovlivňující podobu cytoskeletu. Ale FH2 doména tvoří pouze dílek skládanky další volitelné konzervované peptidické struktury, které ji obklopují, stejně jako konkrétní podoba samotné FH2 domény, výrazně ovlivňují konečné vlastnosti forminu a jeho umístění v buňce. Forminy se podílejí na řadě buněčných aktivit, často (ale ne vždy) souvisejících s cytoskeletem. Spravují například aktinovou složku cytoskeletu, propojují aktinová vlákna s mikrotubuly či plazmatickou membránou. Dále se účastní buněčného dělení a fungují jako složky tradičních signalizačních drah atd. Tato práce popisuje strukturu a funkci FH2 a FH1 domén, poskytuje přehled fylogenetických větví forminů u mnohobuněčných eukaryot a shrnuje rozličné role, kterých se forminy v buňkách (pravděpodobně) účastní. Není to malý cíl a (vzhledem k časovým a prostorovým omezením této práce) je nemožné ho splnit v míře, jakou si toto téma žádá.
|
|
|
Klonování a charakterizace vybraných forminů II. třídy
Stillerová, Lenka ; Cvrčková, Fatima (vedoucí práce) ; Rösel, Daniel (oponent)
Forminy jsou proteiny, které se účastní regulací a výstavby aktinových vláken eukaryotních organismů. Tím se řadí mezi proteiny, které regulují cytokinezi a polarizovaný růst, a tak ovlivňují i vývoj celého organismu. U Arabidopsis thaliana se forminy dělí na 2 třídy. FH1 a FH2 domény (formin homology 1 a 2) jsou přítomny u forminů obou tříd. I. třída se liší od II. třídy přítomností N-koncové transmembránové domény. Některé forminy II. třídy mají na N-konci PTEN doménu (Phosphatase and Tensin Homolog). Její sekvenční analýza naznačila, že by se mohla vázat na membrány skrze fosfatázovou nebo C2 subdoménu. V této práci jsem se zaměřila na formin AtFH14, v první řadě na jeho PTEN doménu. Na základě predikované sekvence jsem klonovala úsek DNA kódující tuto doménu, sekvenčně jsem jej ověřila a zaklonovovala do vektoru pro fúzi s YFP a EOS. Takto značený protein jsem vizualizovala metodou tranzientní exprese v listech Nicotiana benthamiana a připravila jsem transformované rostliny Arabidopsis thaliana pro stabilní expresi značeného proteinu. Ten byl lokalizován v kortikální cytoplazmě, cytoplazmatických provazcích, pravděpodobně na jaderné membráně nebo kolem jádra. Nejpozoruhodnější byly "měchýřkovité" útvary, které mohly být způsobeny vazbou PTEN na membránu některé buněčné organely. Taktéž byly pozorovány...
|
host ::
RSS.